Blue1 a été créé sous le nom d'Air Botnia en 1988. À l'époque, l'idée fondatrice pour le transporteur aérien était d'offrir des vols commerciaux en Finlande, au départ et à destination d'Helsinki.

Le 20 janvier 1998, Air Botnia est devenu une filiale de Scandinavian Airlines System (SAS).

Blue1 appartient entièrement à SAS, bien qu'elle possède son propre permis d'exploitation finlandais (nº 007).

En mars 1999, la stratégie de réseau du transporteur a été modifiée. De transporteur intérieur, Blue1 s'est développé en transporteur régional offrant un service d'apport depuis le sud et l'ouest de la Finlande sur Stockholm et Copenhague, les plaques tournantes de SAS.

Depuis le 7 juin 1999, les vols de Blue1 sont à code multiple avec SAS. Depuis mars 2000, Blue1 et SAS Finland ne forment qu'un seul organisme en coadministration. Sveneric Persson, PDG de Blue1, occupe également le poste de vice-président de SAS pour la région nord-est de l'Europe.

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